Fluorescencyjna cytometria przepływowa (ang. fluorescence flow cytometry, FFC) używana jest do analizy fizjologicznych i chemicznych właściwości komórek. Można ją również używać do analizy innych biologicznych cząstek w analizatorach moczu. Dostarcza ona:

Informacje o wielkości i budowie komórek
Informacje o wnętrzu komórek

Próbka krwi jest najpierw zasysana i dozowana, po czym jest rozcieńczana we wstępnie ustalonych proporcjach i znakowana zastrzeżonym markerem fluorescencyjnym, który wiąże się swoiście z kwasami nukleinowymi. Następnie próbka transportowana jest do komory przepływowej i oświetlana wiązką lasera półprzewodnikowego. Pojawienie się komórki lub cząsteczki na drodze wiązki lasera skutkuje powstaniem trzech różnych sygnałów:

Rozproszenia czołowego (FSC)
Rozproszenia bocznego (SSC)
Światła bocznej fluorescencji (SFL).

Natężenie rozproszenia czołowego wskazuje objętość komórek. Rozproszenie boczne dostarcza informacje o wnętrzu komórki, np. o jądrze i ziarnistościach. Fluorescencja boczna wskazuje ilość DNA i RNA obecnego w komórce. Komórki o podobnych właściwościach fizycznych i chemicznych tworzą klaster (chmurę) na wykresie zwanym skatergramem.

Zasada fluorescencyjnej cytometrii przepływowej używana jest w rozmaitych analizatorach w hematologii i do analizy moczu. Fluorescencyjnej cytometrii przepływowej używamy np. do zliczania WBC i wzoru odsetkowego, do zliczania komórek NRBC i pomiarów retikulocytów. W analizatorach moczu technologia fluorescencyjna wykorzystywana jest również do zliczania bakterii, krwinek czerwonych, krwinek białych oraz innych elementów.